Pengadilan Tinggi Agama bertugas dan berwenang mengadili perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama dalam tingkat banding. Sebagaimana telah diatur dalam Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 jo. Undang-Undang Nomor 3 tahun 2006, tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 tahun 1989 tentang Peradilan Agama yakni menyangkut perkara-perkara :

Perkawinan;
Waris;
Wasiat;
Hibah;
Wakaf;
Zakat;
Infaq;
Shadaqah; dan
Ekonomi Syari'ah.

Selain kewenangan tersebut, pasal 52A Undang-Undang Nomor 3 tahun 2006 menyebutkan bahwa “Pengadilan Agama memberikan istbat kesaksian rukyat hilal dalam penentuan awal bulan pada tahun Hijriyah”. Penjelasan lengkap pasal 52A ini berbunyi: “Selama ini Pengadilan Agama diminta oleh Menteri Agama untuk memberikan penetapan (itsbat) terhadap kesaksian orang yang telah melihat atau menyaksikan hilal bulan pada setiap memasuki bulan Ramadhan dan awal bulan Syawal tahun Hijriyah dalam rangka Menteri Agama mengeluarkan penetapan secara nasional untuk penetapan 1 (satu) Ramadhan dan 1 (satu) Syawal. Pengadilan Agama dapat memberikan keterangan atau nasihat mengenai perbedaan penentuan arah kiblat dan penentuan waktu shalat. Di samping itu, dalam penjelasan UU nomor 3 tahun 2006 diberikan pula kewenangan kepada Pengadilan Agama untuk pengangkatan anak menurut ketentuan hukum Islam.

Selanjutnya Pengadilan TInggi Agama juga bertugas dan berwenang mengadili di tingkat pertama dan terakhir sengketa kewenangan mengadili antar Pengadilan Agama di daerah hukumnya.

Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, Pengadilan Tinggi Agama mempunyai fungsi sebagai berikut :

1. Memberikan pelayanan teknis yustisial bagi perkara banding.
2. Memberikan pelayanan di bidang administrasi perkara banding dan administrasi peradilan lainnya.
3. Memberikan keterangan, pertimbangan dan nasehat tentang Hukum Islam pada instansi pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta sebagaimana diatur dalam pasal 52 Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 tentang perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama.
4. Mengadakan pengawasan atas pelaksanaan tugas dan perilaku Hakim, Panitera, Sekretaris dan Jurusita di daerah hukumnya.
5. Mengadakan pengawasan terhadap jalannya peradilan di tingkat Pengadilan Agama dan menjaga agar peradilan diselenggarakan dengan seksama dan sewajarnya.
6. Memberikan pelayanan administrasi umum kepada semua unsur di lingkungan Pengadilan Tinggi Agama dan Penagdilan Agama.
   Melaksanakan tugas-tugas pelayanan lainnya seperti hisab rukyat dan sebagainya.